Les 267 fonctions de statgh.r (version 6.49) Chargement des fonctions : source("http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/wstat/statgh.r",encoding="latin1") Choisissez la fonction : acp acpFacteur acpLoadings addClassMeans aide ajouteTotaux ajusteNomsColonnes allCalcQT allQL allQLm allQLnonum allQLrecap allQLtriap allQLtricr allQT allQT2 allQTdf allqtdbf anaLin anaTcr analexies analyseCoefficientsModeleLogistique analyseMedianes analyseRegression anared approxPoissNorm approximationBinomiale approximationPoissonnienne approximations as.sigcode asc attends auroc aurocQlPred aurocs aurocs_delong bbpQT beanplotQT bendist bestCor bestCorDf bestGroupRep bestValAssoc bioc bloc boxplotQT cadreCah2co cah2co catln catn cats catss cb cd cdr cdrn chaineEnListe chaineEnVectNum charToNum checklm chi2 chi2Adeq chi2Indep chi2IndepTable chi2IndepTableFacteur chr clusterCor clusterCorTrans coefficientsRLB col.names col2fact colMaxs colMedians colMins compMoyData compMoyNoData compPourc compare2QT compare2QTappariees compareScoresBinaires compareScoresFL compareScoresMetavir copies corCircle couleursFL couleursMetavir couleursNmds cpt cr cv datagh ddata debutHtml decritClass decritModeleLogistiqueBinaire decritQL decritQLf decritQT decritQTparFacteur decritQTparFacteurTexte decritRLB devoff df2csv df2dac dfSansCor dfSansNA dimdf dims discordance dql dqt dtQT duree ecrit.csv ecrit.dac ecrit.dar ecrit.df ecrit.xls ect enColonnes enFacteur exploreCorrelations exprimeDuree extrait fcomp finHtml finsink fql fqt ghtrim go gr hbbpQT hhead histEffectifs histProba histQL histoQT hprint htmlsrc ic ice iceQT icm icmQT icp identif identifgc ifiab installe lesColonnes lesVariables lib ligneCadreCtrACP lignePointillesACP linCor linmodelstats lit lit.dac lit.dar lit.dar.lh lit.dar.wd lit.dat lit.dbf lit.texte lit.xls litcol lls lstMod matCor matId matPen maxMatCor mcomed mdc milieu milieux minMatCor modalitesFL modalitesMetavir modelesCLMMetavir modelesFDAMetavir modelesLDAMetavir modelesMDAMetavir modelesQDAMetavir modelesRLB modelesRLIMetavir mot mots moy nbmots noask noconst nodup nomDeFichier nombase nonoui numeroteId optionsPrint ouinon pairsi panel.cor panel.cor2 panel.corpvalue panel.pointsreg parPrint pchShow pctBcLda plotQL plotQT plotQTdet print10 pwd rchModeleLogistique rch_VE recadrage redata reduitVarsCor reformate regh regressionLogistiqueBinaire regressionLogistiqueOrdinale regressionLogistiqueOrdinale2 rlo_ord rlobin rownames rsd ruler run scr sdmax sdr sensSpec showColors simule sinksource sinksrc skku somCols sorsrc src strlen surncarg tailleEchMoy tailleEchProp tdn tmp traceCor traceLin traceQL traceRLB traceTcr triAPlats triAplat triAplatAvecOrdre triAplatNonum triCroise triCroiseBC triCroiseSansMarges triaplat ucfirst vecteurEnChaine verifSol versiongh violinplotQT vvar xls2dar z Exemples d'utilisation de la fonction chi2Adeq chi2Adeq( c(20,20,20,140), c(24,11,20,145) ) chi2Adeq( 150*rep(1/6,6), c(22,21,22,27,22,36), contr=TRUE ) Corps de la fonction chi2Adeq chi2Adeq <- function(vth,vobs,contr=FALSE,graph=FALSE,ymax=100,basefichier="",titre="",noms=c(),longueur=1600,largeur=1200) { ################################################################# # # calcul du chi-deux d'ad�quation classique # on d�taille les contributions au chi-deux # pour bien comprendre "l� o� �a varie" cat("\n CALCUL DU CHI-DEUX D'ADEQUATION\n") cat("\n Valeurs th�oriques ",vth) cat("\n Valeurs observ�es ",vobs) # le calcul n'est licite que si # c1 : les vecteurs ont m�me somme... sthe <- sum(vth) sobs <- sum(vobs) if (abs(sthe-sobs)>10**(-3)) { cat("\n") cat("\n les valeurs th�oriques et observ�es n'ont pas la m�me somme\n") ; cat("\n somme des valeurs th�oriques ",sthe,"") ; cat("\n somme des valeurs observ�es ",sobs," \n") ; cat("\n diff�rence : ",sthe-sobs,"\n") cat("\n le calcul du chi-deux n'est donc pas possible.\n") ; cat("\n") return(-1) } ; # fin de si # c2 : et s'ils sont m�me longueur lthe <- length(vth) lobs <- length(vobs) if (!lthe == lobs) { cat("\n") cat("\n les valeurs th�oriques et observ�es n'ont pas la m�me longueur\n") ; cat("\n longueur des valeurs th�oriques ",lthe,"") ; cat("\n longueur des valeurs observ�es ",lobs," \n") ; cat("\n le calcul du chi-deux n'est donc pas possible.\n") ; cat("\n") } ; # fin de si # c3 : s'il n'y a pas d'effectif inf�rieur � 5 # si on arrive ici, le calcul est sans doute possible... vchi <- sum ((vth-vobs)**2/vth) alpha <- 5 pval <- chisq.test( vobs, p=vth/sthe )$p.value chi2m <- qchisq( 1 -alpha/100, lthe-1 ) cat("\n Valeur du chi-deux ",vchi,"\n") cat("\n Chi-deux max (table) � 5 % ",chi2m ) cat(" pour ",lthe-1," degr�s de libert� ; p-value ", pval) cat("\n") # une petite phrase pour conclure le test cat("\n d�cision : au seuil de ",alpha,"%") if (vchi<=chi2m) { cat(" on ne peut pas rejeter l'hypoth�se") } else { cat(" on peut rejeter l'hypoth�se") } ; # fin de si cat("\n que les donn�es observ�es correspondent aux valeurs th�oriques.\n") cat("\n") # on affiche en d�tail du calcul du chi-deux # si l'une des trois conditions au moins est remplie # 1. contr est � TRUE # 2. la p-value est inf�rieure � 0.05 # 3. la valeur du chi2 d�passe celle de la table cnd1 <- contr cnd2 <- pval < 0.05 cnd3 <- vchi > chi2m cond <- cnd1 | cnd2 | cnd3 # affichage �ventuel des contributions if (contr) { cat("\n Contributions au chi-deux \n\n") nc <- 7 cntr <- data.frame(matrix(nrow=lthe,ncol=nc)) colnames(cntr) <- c("Ind.","The","Obs","Dif","Cntr","Pct","Cumul") #rownames(cntr) <- rep(" ",lthe) rownames(cntr) <- 1:lthe scnt <- 0 for (i in 1:lthe) { cntr[i,1] <- noms[i] cntr[i,2] <- vth[i] cntr[i,3] <- vobs[i] dif <- vth[i] - vobs[i] cntr[i,4] <- (- dif) # modif 2020 cntr[i,5] <- dif**2/vth[i] cntr[i,6] <- 100.0*(cntr[i,5]/vchi) scnt <- scnt + cntr[i,5] cntr[i,7] <- scnt } ; # fin pour i print(cntr) cat("\n") cat("\n Contributions tri�es \n\n") idx <- order(cntr[,5],decreasing=TRUE) print(cntr[idx,]) } ; # fin de si # affichage �ventuel des histogrammes avec stockage en image PNG if (graph) { if (basefichier!="") { png1 <- paste(basefichier,"1.png",sep="") #png(png1,width=1024,height=768) gr(png1,longueur,largeur) } # finsi scr(2) vth2 <- 100*vth/sthe names(vth2) <- 0:(lthe-1) if (length(noms)>0) { names(vth2) <- noms } maintr <- "E. observ�s (bleu) vs th�oriques (rouge) en %" if (titre!="") { maintr <- paste(titre," : effectifs (%)") } # fin de si #print(vth2) #cat("ymax vaut ",ymax,"\n") barplot(round(vth2),col="red",main=maintr,ylim=c(0,ymax)) vobs2 <- 100*vobs/sthe names(vobs2) <- 0:(lthe-1) if (length(noms)>0) { names(vobs2) <- noms } barplot(vobs2,col="blue",main=maintr,ylim=c(0,ymax)) if (basefichier!="") { dev.off() } # finsi if (basefichier!="") { png2 <- paste(basefichier,"2.png",sep="") #png(png2,width=1024,height=768) gr(png2,longueur,largeur) } # finsi scr(1) vatr <- rbind(vobs2,vth2) if (length(noms)>0) { colnames(vatr) <- noms } maintr <- "Effectifs observ�s (bleu) vs th�oriques (rouge) en %)" if (titre!="") { maintr <- paste(titre," : effectifs observ�s (bleu) vs th�oriques (rouge) en %)") } # fin de si barplot(vatr,col=c("blue","red"),beside=TRUE, main=maintr,ylim=c(0,ymax)) if (basefichier!="") { dev.off() cat(" Vous pouvez utiliser ",png1," et ",png2,"\n") } # finsi } ; # fin de si } ; # fin de fonction chi2Adeq Cliquer ici pour revenir à la page de départ Code-source de la page explications archive zip du code de statgh.r Retour à la page principale de (gH)
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acp acpFacteur acpLoadings addClassMeans aide ajouteTotaux ajusteNomsColonnes allCalcQT allQL allQLm allQLnonum allQLrecap allQLtriap allQLtricr allQT allQT2 allQTdf allqtdbf anaLin anaTcr analexies analyseCoefficientsModeleLogistique analyseMedianes analyseRegression anared approxPoissNorm approximationBinomiale approximationPoissonnienne approximations as.sigcode asc attends auroc aurocQlPred aurocs aurocs_delong bbpQT beanplotQT bendist bestCor bestCorDf bestGroupRep bestValAssoc bioc bloc boxplotQT cadreCah2co cah2co catln catn cats catss cb cd cdr cdrn chaineEnListe chaineEnVectNum charToNum checklm chi2 chi2Adeq chi2Indep chi2IndepTable chi2IndepTableFacteur chr clusterCor clusterCorTrans coefficientsRLB col.names col2fact colMaxs colMedians colMins compMoyData compMoyNoData compPourc compare2QT compare2QTappariees compareScoresBinaires compareScoresFL compareScoresMetavir copies corCircle couleursFL couleursMetavir couleursNmds cpt cr cv datagh ddata debutHtml decritClass decritModeleLogistiqueBinaire decritQL decritQLf decritQT decritQTparFacteur decritQTparFacteurTexte decritRLB devoff df2csv df2dac dfSansCor dfSansNA dimdf dims discordance dql dqt dtQT duree ecrit.csv ecrit.dac ecrit.dar ecrit.df ecrit.xls ect enColonnes enFacteur exploreCorrelations exprimeDuree extrait fcomp finHtml finsink fql fqt ghtrim go gr hbbpQT hhead histEffectifs histProba histQL histoQT hprint htmlsrc ic ice iceQT icm icmQT icp identif identifgc ifiab installe lesColonnes lesVariables lib ligneCadreCtrACP lignePointillesACP linCor linmodelstats lit lit.dac lit.dar lit.dar.lh lit.dar.wd lit.dat lit.dbf lit.texte lit.xls litcol lls lstMod matCor matId matPen maxMatCor mcomed mdc milieu milieux minMatCor modalitesFL modalitesMetavir modelesCLMMetavir modelesFDAMetavir modelesLDAMetavir modelesMDAMetavir modelesQDAMetavir modelesRLB modelesRLIMetavir mot mots moy nbmots noask noconst nodup nomDeFichier nombase nonoui numeroteId optionsPrint ouinon pairsi panel.cor panel.cor2 panel.corpvalue panel.pointsreg parPrint pchShow pctBcLda plotQL plotQT plotQTdet print10 pwd rchModeleLogistique rch_VE recadrage redata reduitVarsCor reformate regh regressionLogistiqueBinaire regressionLogistiqueOrdinale regressionLogistiqueOrdinale2 rlo_ord rlobin rownames rsd ruler run scr sdmax sdr sensSpec showColors simule sinksource sinksrc skku somCols sorsrc src strlen surncarg tailleEchMoy tailleEchProp tdn tmp traceCor traceLin traceQL traceRLB traceTcr triAPlats triAplat triAplatAvecOrdre triAplatNonum triCroise triCroiseBC triCroiseSansMarges triaplat ucfirst vecteurEnChaine verifSol versiongh violinplotQT vvar xls2dar z
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