Bibliographie et Références web

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Bibliographie

Références Web

Bibliographie

Handbook of New Bacterial Systematics,
Goodfellow, M and 0. McDonnell (eds.)
Academic Press, 1993.

An Introduction to Mathematical Taxonomy,
Dunn, D. and Everitt, B. S.
Cambridge University Press, 1982.

Metric and Euclidean properties of dissimilarity coefficients,
Gower, J. C. & P. Legendre
Journal of Classification, vol 3, 1986, pp. 5-48.

Numerical taxonomy,
Felsenstein, J. (ed.)
NATO ASI Series, col. G1, 1983, Springer-Verlag.

A review of numerical methods in bacterial identification,
Willcox, W.R., Lapage, S.P. and Holmes, B.
Antonie Leeuwenhoek, vol46, 1980, pp. 233-299.

PIBWin -- software for probabilistic identification.
Bryant TN.
J Appl Microbiol. 2004;97(6):1326-7.

Identification of bacteria by computer: general aspects and perspectives.
Lapage SP, Bascomb S, Willcox WR, Curtis MA.
J Gen Microbiol. 1973 Aug; 77(2):273-290.

Theoretical aspects of numerical identification,
Hill, L.R.
International Journal of Systematic Bacteriology, vol 24, 1974, pp. 233-299.

Probabilistic Models for Bacterial Taxonomy
Gyllenberg, M. & Koski, T.
International Statistical Review, vol. 69, 2001, pp. 249-276.

Laboratory Guide for Identification of Plant Pathogenic Bacteria,
edited by Schaad N. W., Jones J. B. and Chun W.
Third edition, 2001. APS Press, St Paul, Minnesota, USA. N° ISBN 0-89054-263-5.

European Handbook of Plant Diseases,
L. Smith , J. Dunez , D.H. Phillips , R.A. Lelliott
1988, Oxford. Blackwell Scientific Publications.

Une méthode de choix des caractères d'identification basée sur le théorème de Bayes et la mesure de l'information.
Descamps, P. & Véron, M. (1981).
Ann Microbiol (Paris) 132B, 157-170

Références Web

CCUG Culture Collection, University of Göteborg, Sweden http://www.ccug.gu.se
ce site proposait sur la page anal1 deux exemples d'identification ; comme il est en anglais, on pourra en profiter pour se familiariser avec le vocabulaire anglo-saxon. Le premier exemple proposé correspond aux données suivantes de cabiq une fois le bouton "exemples" cliqué :

    Bactérie 0006

    Matrice Z_ccug1

    Galerie Z_Gal1

Le deuxième exemple correspond aux valeurs

    Bactérie 00076

    Matrice Z_ccug2

    Galerie Z_Gal2

BERGEYS http://www.cme.msu.edu/Bergeys/
c'est le site du fameux manuel Bergey.

NCBI National Center for Biotechnology Information
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

ce site héberge en particulier le célèbre navigateur nommé "Taxonomy Browser" qui centralise les informations par genre et par espèce. Si on entre Pseudomonas corrugata par exemple, on y retrouve des gens connus et le résumé de l'article paru dans Int. J. Syst. Bacteriol. en 1997.

LBSN List of Bacterial names with Standing in Nomenclature
http://www.bacterio.cict.fr/

ce site, géré par J. P. EUZEBY fournit la liste des noms reconnus de bactéries dans la littérature.

BIGCAT Bionet international group on Computer-Aided Taxonomy
http://www.bionet-intl.org/html/structure/bigcat/bigcat.htm

cet organisme international traite de tout ce qui concerne la taxonomie numérique et l'identification automatique par ordinateur.

WPIB Software and Identification Matrices forProbabilistic Identification of Bacteria
http://www.som.soton.ac.uk/staff/tnb/pib.htm

ce site recense des matrices d'identification et fournit un logiciel pour Windows ; les matrices sont des feuilles Excel.

DSMZ Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH
German Collection of Microorganisms and Cell Cultures

http://www.dsmz.de/species/strains.htm

Institut pour la collection allemande.

BRG Bureau des ressources génétiques
Ce bureau de l'INRA gère en particulier la collection française des bactéries phytopathogènes (CFBP).

http://www.brg.prd.fr/brg/ecrans/rgmBd_Mine_CFBPconsulter.htm

MSDN Microbial Strain Data Network
On y trouve des matrices d'identification déjà publiées (bacterial identification matrices).

http://panizzi.shef.ac.uk/msdn/

CABRI Common Access to Biotechnological Resources and Information
http://www.cabri.org/http://www.cabri.org/

Ce site gère des catalogues, des collections, des produits et des procédures comme par exemple celle qui décrit la conservation d'une bactérie nommée PRESERVATION OF BACTERIA BY FREEZE-DRYING

dont l'adresse est http://www.cabri.org/guidelines/micro-organisms/M300Ap508.html

BCCM Belgian Co-ordinated Collections of Micro-organisms
http://www.belspo.be/bccm/index.htm

Ce site belge gère, entre autres, les collections BCCM, LMBP, LMG, IHEM et MUCL.

autres liens possibles à consulter

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