Université d'AngersDépartement Informatique

IRHS LERIA

Marc Legeay

Docteur à l'Université d'Angers

Enseignements

2017-2018

L1 MPCIE Algorithmique et structures de données 1 (TP)
L1 MPCIE Développement Web 1 (TP)
L1 MPCIE Théorie des langages (TP)
L2 MPCIE Algorithmique et structures de données 3 (TP)
L2 MPCIE Approche orientée objet pour la programmation (TD & TP)
L3 Pro Bases de données (CM/TD)

2016-2017

L1 MPCIE Introduction à l'algorithmique (TP)
L1 MPCIE Complément d'algorithmique (TP)
L1 MPCIE / SVG C2I (TD)
L2 MPCIE Programmation fonctionnelle (TD & TP)
L2 MPCIE Programmation objet (TD & TP)
L2 MPCIE / SVG C2I (TD & TP)
L2 Biotech Bio-informatique (CM, TD & TP)
L3 Système (TP)

2015-2016

L1 SPS Introduction à l'algorithmique (TD & TP)
L2 SVG C2I (TD)
L2 Biotech Bio-informatique (CM, TD & TP)
L3 Mise à niveau Java (TP)
L3 Pro Programmation objet (TP)

2014-2015

L1 MPCIE / SVG C2I (TD & TP)
L2 MPCIE Programmation objet (TP)
L3 Pro Programmation objet (TP)

2013-2014

L1 MPCIE Introduction à l'algorithmique (TP)
L2 MPCIE Programmation C (TD)
L3 Pro Programmation objet (TP)

Thèse

Sujet : Étude de la régulation anti-sens par l'analyse différentielle de données transcriptomiques dans le domaine végétal
Directrice de thèse : Béatrice Duval
Co-directeur de thèse : Jean-Pierre Renou
Financement : GRIOTE
Soutenue le : Mardi 12 décembre 2017
Rapporteurs : Céline ROUVEIROL
Fariza TAHI
Examinateur : Jérémie BOURDON
Résumé : Un des problèmes actuels en bio-informatique est de comprendre les mécanismes de régulation au sein d'une cellule ou d'un organisme. L'objectif de la thèse est d'étudier les réseaux de co-expression de gènes chez le pommier avec la particularité d'y intégrer les transcrits anti-sens. Les transcrits anti-sens sont des ARN généralement non-codants, dont les différents modes d'action sont encore mal connus. Dans notre étude exploratoire du rôle des anti-sens, nous proposons d'une part une analyse fonctionnelle différentielle qui met en évidence l'intérêt de l'intégration des données anti-sens en transcriptomique. D'autre part, concernant les réseaux de gènes, nous proposons de limiter l'inférence à un cœur de réseau et nous introduisons alors une méthode d'analyse différentielle permettant de comparer un réseau obtenu à partir de données sens avec un réseau contenant des données sens et anti-sens. Nous introduisons ainsi la notion de gènes AS-impacté, qui permet d'identifier des gènes dont les interactions au sein d'un réseau de co-expression sont fortement impactées par la prise en compte de transcrits anti-sens. Pour les données pommier que nous avons étudiées et qui concerne la maturation des fruits et leur conservation à basse température, l'interprétation biologique des résultats de notre analyse différentielle fournit des pistes pertinentes pour une étude expérimentale plus ciblée de gènes ou de voies de signalisation dont l'importance pourrait être sous-estimée sans la prise en compte des données anti-sens.
Documents : Manuscrit - Présentation

Publications

ORCID iD iconorcid.org/0000-0001-7984-326X - DBLP - Okina

2018

2017

2016

2015

2014

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LERIA, Département Informatique, Bureau H 108

UFR Sciences

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