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Comment utiliser le logiciel R sous Windows

à la Faculté des Sciences d'Angers

dans les batiments G et H ?

               (informations mises à jour le 21 juillet 2013)

 

Dans ces batiments, il y a, via le réseau, plusieurs façons d'utiliser le logicel R pour Windows : Rgui et Rstudio.
Il y a en principe des raccourcis pour y accéder dans Démarrer/Programmes/Maths_datamining/Statistiques/R mais nous rappelons ci-dessous où sont les fichiers exécutables.

Pour utiliser une version de R sous Windows, on peut

  • ouvrir le poste de travail
  • cliquer sur le disque H:
  • ouvrir l'arborescence de H: et cliquer sur le dossier R
  • ouvrir l'arborescence de H:\R et cliquer sur le dossier voulu R-2.13.0, par exemple, ou R-3.1.0
  • ouvrir l'arborescence du répertoire choisi et cliquer sur le dossier bin
  • ouvrir l'arborescence du répertoire bin choisi et double-cliquer sur Rgui.exe (directement ou dans le dossier i386)

R devrait alors s'exécuter dans une fenêtre Windows avec un menu.

Pour utiliser R via RStudio sous Windows, il faut

  • ouvrir le poste de travail
  • cliquer sur le disque H:
  • ouvrir l'arborescence de H: et cliquer sur le dossier RStudio
  • ouvrir l'arborescence de H:\RStudio et cliquer sur le dossier bin
  • ouvrir l'arborescence du répertoire bin choisi et double-cliquer sur rstudio.exe

Avantages et inconvénients de l'interface standard (IS) et de l'interface de RStudio (RS)

  • IS permet d'avoir des fenêtres de calcul et de tracé indépendantes (utile avec un petit écran)
  • IS ne ressemble pas à l'interface MacOs et Linux
  • IS utilise un navigateur standard pour les fichiers d'aide via help.start()
  • IS ne permet pas de voir les "plots" précédents
  • IS n'affiche pas les variables disponibles
  • IS a une gestion limitée de l'aide contextuelle (la touche TAB)
  • RS a la même interface sous Windows, MacOS et Linux
  • RS a des fenêtres et des panneaux modulables
  • RS affiche l'aide dans son propre panneau
  • RS garde en mémoire les "plots", peut les zoomer et les exporter
  • RS affiche les variables et a son panneau pour les afficher avec View()
  • RS a une gestion très complète de l'aide contextuelle (la touche TAB)
  • RS n'est pas très pratique si on a un petit écran

Bref, quand on peut, il vaut mieux utiliser RStudio.

Quelques conseils d'utilisation

Pour profiter au mieux de R, il est conseillé de se positionner dès le début de la session R sur le disque D: qui est au niveau des cours le seul disque en écriture. La commande R correspondante est (vous pouvez la copier/coller à partir de cette page) : 


     setwd("D:/")

Si vous voulez utiliser les fonctions de statgh.r, il faut les charger avec l'instruction 


     source("K:/Stat_Ad/statgh.r")

mais ceci ne marchera pas chez vous (car le disque K: n'existe qu'à la Faculté des Sciences). Avec un accès à internet, utilisez plutôt : 


      source("http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/wstat/statgh.r")

Si vous utilisez Linux ou un MacOS, il faudra sans doute prévenir R que vous utilisez des caractères accentués : 


      source("http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/wstat/statgh.r", encoding="latin1" )     
          

La plupart des fichiers de données sont sur le disque K:, au format .DAR et vous pouvez les lire avec notre fonction lit.dar() 


     elfData <- lit.dar("K:/Stat_Ad/elf.dar")

Avec un accès à internet, utilisez plutôt notre fonction lit.dar.wd() qui fait référence à notre ensemble de dossiers fichiers de données réelles : 


     elfData <- lit.dar.wd("elf.dar")

Dès que l'on dépasse trois ou quatre instructions R à la suite ou si on veut garder une trace de l'exécution, il est conseillé d'écrire le code R dans un fichier de type .R avec un éditeur comme Notepad++ (gratuit) car il connait la syntaxe de R. Une fois votre code écrit et enregistré, disons dans monCode.r, il suffit d'utiliser la fonction source() et ses nombreuses options pour exécuter votre code : 


     source("monCode.r")
     source(file="monCode.r",echo=TRUE)
     source(file="monCode.r",print.eval=TRUE)
     source(file="monCode.r",echo=TRUE,print.eval=TRUE)
     source(file="monCode.r",echo=TRUE,print.eval=TRUE,encoding="latin1") # Linux ISO-8859-15
     source(file="monCode.r",echo=TRUE,print.eval=TRUE,verbose=TRUE)
     source(file="monCode.r",echo=TRUE,print.eval=TRUE,verbose=TRUE)

Il est possible avec la fonction sink() de rediriger les résultats dans un fichier. Nous avons écrit une fonction qui vous simplifie le travail nommée sinksource() : il vous suffit juste d'utiliser print() et cat() pour afficher les résultats et cette fonction crée le fichier de résultats pour vous : 


     # ceci est le fichier monCode2.r
     
     x <- 3
     
     cat(" x vaut ",x,"\n")
     


     sinksource("monCode2.r")     
          


     x vaut 3     
          
     vous pouvez consulter monCode2.sor     
          

Le fichier de résultats ainsi créé a le même nom et une extension .sor ; donc avec l'exemple précédent, vous vous retrouvez avec le fichier monCode2.sor dont le contenu est : 


     x vaut 3

Au cas où vous voudriez installer un package, ce qui est tout à fait autorisé, il faut préciser le chemin d'accès d'installation avec le paramètre lib parce que par défaut Rstudio veut écrire là où il est installé (disque H:) or vous n'êtes pas autorisé à écrire sur H:. Voici comment faire : 


     # installation du package beanplot en local sur d: à la Faculté des Sciences d'Angers
     # d:/ au lieu de d:\ est volontaire (et compris par R)
     
     install.packages("beanplot", lib="d:/")
     library(beanplot, lib="d:/")             # noter l'absence de guillemets autour de beanplot
     
     # installation du package MASS en local sur F:\stat
     # on peut utiliser n'importe quel répertoire dans lequel on peut écrire
     # ici F:/stat désigne un répertoire d'une clé USB
     
     install.packages("MASS", lib="F:/stat")
     library(MASS, lib="f:/stat")

Cours de R (gH) en ligne :

 

 

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