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Introduction non élémentaire au logiciel R

    en 4 demi-journées

1. Présentation du logiciel R

                     gilles.hunault "at" univ-angers.fr

 

Table des matières cliquable

  1. Installation et découverte de R

  2. Mode interactif, sessions et mode batch

  3. Structures de données et affichages

  4. Lectures de fichiers avec R

  5. Calculs simples et manipulations élémentaires en R

  6. Documentation et système d'aide

  7. Fonctions et packages, bioconductor

  8. Avantages et inconvénients de R

  9. Comparaison des différentes interfaces pour R

10. R versus les autres logiciels statistiques

11. Cours de R en ligne et en français

 

Il est possible d'affintror_inc.phpicher toutes les solutions via ?solutions=1.

 

1. Installation et découverte de R

Qu'est-ce que le logiciel R ? Comment l'installer, sur Windows, MacOs, Linux ?

Solution :  

 

2. Mode interactif, sessions et mode batch

Quel est la différence entre le mode interactif et le mode batch ?

Expliquer ce que fait chaque instruction du fichier ci-dessous si l'on exécute dans une session R. Les numéros de ligne ne font pas partie des instructions. Il y a des lignes vides.


     01  v <- 1:10
     02  mean(v)
     03
     04  print( mean(v) )
     05  ( mean(v) )
     06  moyv <- mean(v) # stockage
     07
     08  mean( x=c(1:10,15:18), trim=0.5)
     09  x <- 1 ; y <- x + 1 ; x <- x + 3
     10
     11  quit()
     

Solution :  

 

3. Structures de données et affichages

Quelles sont les structures de données en R ? Comment fait-on pour ne voir que le début des données, ou la fin ?

Comment sauvegarder des variables de session ?

Solution :  

 

4. Lectures de fichiers avec R

Comment fait-on pour lire des données dans un fichier ? Peut-on lire des fichiers sur Internet ?

On pourra utiliser les fichiers data01.txt, data02.txt, data03.txt, data04.csv et data05.xls pour tester les lectures, en local comme sur internet.

Questions spécialisées :

«Je travaille avec le logiciel mothur. Puis-je en lire les données avec R ?»

«Moi, j'utilise principalement des séquences Fasta trouvées sur Internet. Comment les lire avec R ? Exemple de données : le fichier cl8npnu.fasta».

«Moi, je ne m'intéresse qu'à la composition en AA de protéines stockées sur Uniprot dont je connais l'identifiant, comme par exemple Q75LD9».

«Je travaille surtout sur les titres d'articles de PubMed, comme celui-ci, référencé 11780146. Que peut R pour moi dans ce domaine ?

«Comment obtenir la séquence du gène X94991 ?»

Solution :  

 

5. Calculs simples et manipulations élémentaires en R

Comment créer des variables, les lister, les supprimer ? Comment convertir des données, par exemple de pouces en cm ? Comment recoder, par exemple avec la valeur 0 pour moins de 10 et 1 sinon ? Et pour trier des données ?

Solution :  

 

6. Documentation et système d'aide

Comment apprendre à utiliser le logiciel R ?

Où et comment obtenir de l'aide et de la documentation pour le logiciel R ?

Solution :  

 

7. Fonctions et packages, bioconductor

Qu'est-ce qu'un package en R ? Comment s'y retrouver ? Comment installer, charger, dé-charger un package  ? Quels sont les principaux packages  ? Comment installer un package dans environnement contraint, par exemple si on'a pas le droit, comme à la fac, d'écrire dans le répertoire de R ? Qu'est-ce que Bioconductor ?

Solution :  

 

8. Avantages et inconvénients de R

Quels sont les avantages (les points forts) de R ?

Et ses inconvénients (ses points faibles) ?

Solution :  

 

9. Comparaison des différentes interfaces pour R

Quelles sont les différentes interfaces pour utiliser R ?

Lesquelles fournissent «juste un environnement de session» ?

Lesquelles sont dédiées aux analyses statistiques ?

Solution :  

 

10. R versus les autres logiciels statistiques

Comment se situe R par rapport aux autres "grands logiciels statistiques" ?

Solution :  

 

11. Cours de R en ligne et en français

Y a-t-il beaucoup de cours de R en ligne et en français ? Et de manuels au format PDF ?

Solution :  

 

 

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