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Structure

Evolution

Et

Diversité des microbiotes des semences

1. Quelques liens

SRA The NCBI's Sequence Read Archive (NGS data).
ENA EMBL's European Nucleotide Archive.
DBA DDBJ's Sequence Read Archive.
mg-rast The MetaGenomic RAST
img/m Integrated Microbial Genomes with Microbiomes samples
SRAdb R/Bioconductor package, compilation of metadata from NCBI SRA and tools  demo manual

Des exemples de boucles en PERL pour de la data science : boucles.

Un exemple de script PERL d'analyse : metauto16S.

Un script pour tracer les corrélations issues de sparcc (mothur) : sparcc.

Deux scripts PERL pour rapatrier et convertir et en fastq pairés des fichiers sra : getSra.

Un script PERL pour renommer massivement des fichiers : renommer.php.

Incomplet : un script PERL pour extraire les données considérées "fiables et de qualité" pour des séquences Fastqs : qualiteFastq.php.

Ajout du 02 novembre 2016 : un script PERL pour manipuler facilement les premières liges d'un fichier pour une analyse LEFSE : preLefse.

Ajout du 04 novembre 2016 : un script PERL pour produire facilement les PNG lors d'une analyse LEFSE : lefse.

Présentations de l'axe 4 pour les CS :

 

2. Lexiques alphabétique et fréquentiel des titres recensés par MB

     

     

3. Quelques termes techniques avec leur lien wiki US et FR et le comptage par Google

Si vous acceptez d'attendre entre 30 et 40 secondes avant de voir les résultats actualisés, cliquez ici.

Comptages de 2014 :

mot wiki_FR wiki_EN Google hits/10^6 images
phyllosphere non vu wiki wiki EN lien 0.10 images
rhizosphere wiki FR wiki EN lien 0.63 images
spermosphere non vu wiki not found lien 0.01 images
anthosphere non vu wiki not found lien 0.39 images
carposphere non vu wiki not found lien 0.02 images
microbiota wiki FR wiki EN lien 1.17 images
community wiki FR wiki EN lien 4480.00 images
metagenome non vu wiki wiki EN lien 0.37 images
microbiome wiki FR wiki EN lien 0.91 images
metagenomic non vu wiki wiki EN lien 0.44 images

 

 

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