NAME
   mdp - .

SYNOPSIS
   mdp [OPTIONS]

DEFINITIONS
   Un "alphabet" est un ensemble de symboles.
   On peut enrichir un alphabet avec un symbole, dit "joker", qui représente l'ensemble des autres symboles de l'alphabet.
   On appelle "symboles solides" l'ensemble des symboles qui ne sont pas des jokers.
   Un "patron" (pattern) est une suite de symboles appartenant à un alphabet prédéfini.
   La "variabilité" (slack) d'un mot correspond au nombre maximal de jokers consécutifs de ce mot. "La variabilité" d'un ensemble de mots correspond à la variabilité du mot de variabilité maximale.
   La "longueur" (length) d'un mot correspond au nombre de symboles solides du mot. "La longueur" d'un ensemble de mots correspond à la somme des longueurs des mots.

    Une "séquence" est un mot.
    Une "base de séquences" est un ensemble de séquences indicées, c'est-à-dire qu'on associe un indice unique à toutes les séquences.
    Un "motif" pour une base de séquences B est un ensemble de patrons, de plus on associe à chaque patron du motif une localisation unique pour chacune des séquences de B.

REQUIRED
   Les options "--input" et "--output" sont obligatoires.

OPTIONS
   -i, --input FILE
   Nom du fichier  qui contient la base séquences avec leurs classes respectives. Il peut être au format ecif, fasta ou csv.  Plus d'information à propos du format ecif:
   http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/Idas/ecif.php

   -o, --output FILE
   Nom du fichier de sortie (format xml).

   -m, --minslack
   Slack minimum des motifs

   -M, --maxslack
   Slack maximum des motifs

   -j, --joker SYMBOL
   Cette option sert à formater le fichier de sortie. Cette option affiche les jokers avec le symbole SYMBOL  ('.' par défaut).

   -w, --w SYMBOL
   Cette option sert à formater le fichier de sortie. Cette option sépare deux symboles d'un patron avec le symbole SYMBOL (' ' par dfaut). Par exemple, si on a SYMBOL=',' alors le mot m=aab sera affiché comme suit: a,a,b.

   -v, --verbose

   -t, --type [ecif, fasta, csv]
   Cette option permet de spécifier le format du fichier en entrée. Cette option n'est pas obligatoire dans le cas où l'extension du fichier est correctement reconnue (.fasta, .ecif, .csv).

   -d, --debug FILE
   Créer un fichier sauvegardant la trace de l'exécution du programme.

   -T, --timeout SECONDS (Pas encore implantée)
   Termine le programme après SECONDS secondes.

EXAMPLE
   L'exemple suivant exécute le mdp sur la  base  de  séquences  "leap.fasta" (--input),   puis  enregistre  le  résultat  dans  le fichier "leap.xml" (--output). Dans le fichier de sortie le symbole joker sera réprésenté par "#" (-j) et il n'y aura aucun espacement entre deux symboles d'un même patron (-w).

   mdp --input leap.fasta --output leap.xml -w "" -j "#"