Analyse de résultats de caractérisation(version 1.16)
Rappel : il est possible de vérifier la caractérisation avec la page verifSol. Codes-couleurs des dossiers :
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Analyse de résultats de caractérisation
(version 1.16)
De nombreux jeux de données correspondent à des souches bactériennes (en ligne) pour des bactéries phytopathogènes (parfois de quarantaine, ce qui justifie une caractérisation exacte). Les colonnes sont alors l'expression de gènes selon le codage 1=expression, 0=non expression. Il peut s'agir de gènes de ménages, de gènes de résistance ou d'effecteurs de type III. Les groupes sont alors souvent des pathovars. La colonne nommée caractérisation fournit une solution minimale pour chaque groupe, et non pas une solution minimale globale.
On pourra consulter notre article de Plos One 2009 pour les données et celui de EvoBIO 2011 pour la résolution du problème de caractérisation.
Num Nom du dossier Lignes Colonnes Groupes autre nom CCD Classification Caractérisation 1 Démonstration 1 10 16 2 trivial calculer tracer afficher (V) 2 Démonstration 2 118 37 19 flagrant calculer tracer afficher (V) 3 Exemple recherche 4 118 37 19 rch4 calculer tracer afficher (V) 4 Exemple recherche 7 132 37 18 rch7 calculer tracer afficher (V) 5 Exemple recherche 8 118 37 21 rch8 calculer tracer afficher (V) 6 Effecteurs + senseurs + MCP 176 70 32 rch9 calculer tracer afficher (R) 7 Ralstonia rep 113 155 7 ra_rep calculer tracer afficher (R) 8 Ralstonia rep1 112 155 7 ra_rep1 calculer tracer afficher (O) 9 Ralstonia rep2 112 155 7 ra_rep2 calculer tracer afficher (O) 10 Ralstonia phylotyp 113 155 4 ra_phy calculer tracer afficher (V) 11 Ralstonia phvars 109 155 8 ra_phv calculer tracer afficher (V) 12 Xanthost eff. + senseurs ++ 176 70 37 ahmed_tou1 calculer tracer afficher (R) 13 Xanthost gen (eff. type III) 173 107 33 xanthostgen calculer tracer afficher (V) 14 Ralstonia phvars II 109 34 8 ralsto_phv2 calculer tracer afficher (R) 15 Ralstonia rep II 113 34 7 ralsto_rep2 calculer tracer afficher (R) 16 Ralstonia phylotyp II 113 34 4 ralsto_phy2 calculer tracer afficher (R) 17 Ralstonia phylotyp IIs 112 34 4 ralsto_phy2s calculer tracer afficher (V) 18 Non multiple 7 7 3 nonmult calculer tracer afficher (V) 19 Multiple 7 7 3 multiple calculer tracer afficher (V) 20 R. 100 phvars 109 100 8 ra100_phv calculer tracer afficher (O) 21 R. 100 phylotyp 113 100 4 ra100_phy calculer tracer afficher (V) 22 R. 100 rep1 112 100 7 ra100_rep1 calculer tracer afficher (R) 23 R. 100 rep2 112 100 7 ra100_rep2 calculer tracer afficher (R) 24 Rch8 sol. min 1 132 9 21 rch8sol1 calculer tracer afficher (V)
Rappel : il est possible de vérifier la caractérisation avec la page verifSol.
Codes-couleurs des dossiers :
Couleur Signification (V) Vert Caractérisation spécifique complète (O) Orange Caractérisation spécifique partielle (calculs en cours sur le cluster) (R) Rouge Caractérisation spécifique impossible ("contradictions")