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Partie Statistiques du cours de BioInformatique

Master BTV, UFR Sciences - Université d'Angers

gilles.hunault "at" univ-angers.fr

Enoncés du TD numéro 1 (solutions)

  1. Rappeler à quoi servent les statistiques.

  2. Qu'est-ce qu'une variable QT ? Et une variable QL ? et une QX ?

  3. Quels calculs peut-on effectuer sur une variable QT ?

  4. Quels graphiques permettent de décrire une variable QT ?

  5. Quels calculs peut-on effectuer sur une variable QL ?

  6. Quels graphiques permettent de décrire une variable QL ?

  7. Pourquoi ne peut-on pas vraiment utiliser Excel pour faire des calculs statistiques ?

  8. Pour les données sur les protéines LEA, quel est le type des variables ?

  9. Etudier avec le logiciel R les variables length et reign du fichier lea.dar : dans un premier temps utiliser les fonctions de base de R puis dans un deuxième temps utiliser les fonctions de statgh.r dont une présentation est ici. La liste des fonctions est disponible là.

    On pourra accéder aux données via les instructions R suivantes : 

    
          
          # 1. Lecture des données dans le fichier lea.dar     
          
          # 1.1 si les données sont au dans le répertoire courant :     
          
          lea <- read.table("lea.dar", head=TRUE,row.names=1)     
          
          # 1.2 si les données sont sur le disque D: dans le  répertoire D:\Lea     
          #     (noter l'inversion de \ en //)     
          
          lea <- read.table("D://Lea//lea.dar", head=TRUE,row.names=1)     
          
          #  1.3 avec un accès à internet :     
          
          lea <- read.table("http://forge.info.univ-angers.fr/~gh/Datasets/lea.dar",     
                             head=TRUE,row.names=1)     
          
          # 1.4 avec les fonctions de statgh.r :     
          
          source("statgh.r")     
          lea <- lit.dar("lea.dar")     
          
          # 1.5 avec le package Rcmdr : utiliser le menu Données     
          #     /Importer des Données / depuis un fichier texte     
          #     et cocher Noms de variables dans le fichier,     
          #     Système de fichier local, Espaces et Point puis     
          #     sélectionner le fichier dans le panneau qui s'ouvre     
          
          library("Rcmdr")     
          
          #     si le package Rcmdr n'est pas installé, exécutez     
          #     install.packages("Rcmdr") et choisir dans la liste     
          #     qui s'affiche un site français, comme par exemple ceux de Lyon     
          
          
          # 2. Transfert de length et reign dans des variables     
          #    (décaler les colonnes de 1 si on a utilisé  Rcmdr,     
          #     par exemple : lng <- lea[,2])     
          
          lng <- lea[,1]     
          reg <- lea[,2]     
          
          # affichages à titre de vérification :     
          
          print( head(lng) )     
          print( tail(reg,n=5) )     
          
          
          

     

  10. Peut-on étudier la longueur des protéines pour chaque règne rencontré ? Quel est l'intervalle de confiance de la longueur à 5 % ? et à 1 % ? Peut-on supposer que les longueurs suivent une distribution normale ?

  11. Quel livre en français, court et pas cher peut-on lire sur R et les calculs statistiques sous R ?

 

 

 

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