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Responsabilités pédagogiques

Enseignements 2015/2016

Introduction à l'algorithmique (Licence 1 MPCIE)

Introduction à l'algorithmique impérative, instructions élémentaires (affectation, lecture, écriture), structures séquentielles, conditionnelles et itératives, programmation modulaire (procédures et fonctions), structures de données élémentaires (tableaux à 1 et 2 dimensions). Apprentissage d'un langage de programmation (Pascal).

Télécharger le langage Pascal + l'éditeur EDI .

Support de cours.

Télécharger le jeu puissance 4, le jeu du serpent (version minimale,version complete). Sujet de TP associé au jeu du serpent et à puissance 4.

Correction du CC TD 2 sur les sous-programmes.

Correction de l'exo 4 (salle de spectacles) du TD 4.

Compléments d'algorithmique (Licence 1 MPCIE)

Approfondissements en algorithmique impérative. Données structurées. Récursivité. Persistance des données, notions de système de gestion de fichiers, et accès à des fichiers depuis un langage de programmation. Présentation de la notion de pointeur et de l’allocation dynamique. Etude de structures de données dynamiques et plus particulièrement les listes chaînées. Présentation de quelques notions en complexité. Algorithmes de tri.

Cours Enregistrements/récursivité 2014,
Cours Fichiers 2013,
Cours pointeurs 2013.

Solutions : Coq à l'âne, Tri par tas, Comparaison des tris.

TP C

TP sur le cours réalisé par Vincent Barichard. Les sujets peuvent être trouvés ici (jusque 2013-2014). 2014-2015 : TP sur le cours réalisé par Touria Ait-El-Mekki.

BioInformatique - Bases de données (L2 IMS - Parcours Ingénierie et management de la santé)

Introduction aux bases de données pour la bioinformatique. Introduction aux algorithmes d'alignement de séquences et de reconstruction phylogénétique. Application de ces algorithmes.

Documents pour l'analyse de séquences :

Support de cours (pdf)

Exercices de TD (pdf)

Exercices de TP (pdf)

Alignement 2 à 2 (excel 2010)

Neighbor-Joining (exemple excel 2010)

Exercices de phylogénétique en ligne

Liens divers :

Exemples de séquences de bases azotées/acides aminés, Séquences du gène de la thioredoxine

Outils de manipulation et d'alignement de séquences

Reconstruction d'arbre phylogénétiques

Alignements multiples et phylogénie (Clustal Omega)

Bases de données de séquences/gènes/protéines :

GenBank, PDB, LEAPDB.

PERL (L3 IMS - Parcours Ingénierie et management de la santé)

Perl est un langage de programmation créé par Larry Wall en 1987 et reprenant des fonctionnalités du langage C et des langages de scripts tels que sed, awk et shell. Le cours est une introduction aux techniques de ce language.

Support de cours.

Des fichiers de séquences : sequence.txt, sequence2.txt, sequence3.txt, proteines.txt. Séquences alignées : all1.txt, all2.txt, all3.txt.

Fichier etudiants.txt

Traduction d'un codon en protéine : codons.pl.

Bio-informatique , M1 Biologie et Technologie du Végétal)

Notions de bases sur les bases de données en bio-informatique. Introduction à l'alignement de séquences et à la phylogénie.

Support de cours - Bases de données (pdf), Support de cours - Alignement et phylogénie (pdf : ultra condensé, condensé, complet).

Bio-informatique (M2 informatique)

Notions de base de bio-informatique. Méthodes de résolution optimale du problème d'alignement pair à pair de séquences d'ADN (global, local, avec gap affine). Résolution optimale du problème d'alignement multiple de séquences. Algorithmes d'approximation de l'alignement multiple optimal de séquences (CLUSTAL, ...). Recherche de motifs protéiques, notions d'arbres phylogéniques, méthodes de construction d'arbres phylogéniques (WPGMA, UPGMA, Neighbour-Joining). Méthode de Bootstrap.

Support de cours (pdf), exercices de TD 1, exercices de TD 2, exercices de TP 1, exercices de TP 2.

Alignement 2 à 2 en excel (xlsx).

Exemple excel de l'algorithme de Neighbor-Joining.

Exemple de l'algorithme WPGMA (et non UPGMA, comme indiqué sur la page).

Anciens enseignements

Développement Web (2012-2013, Licence 1 MPCIE)

Partie HTML-CSS : lien vers le cours

Sujets de TD : TD1, TD2, TD3, TD4.

Développement Web (2008-2012, Licence 1 MPCIE)

Définition du concept d'URL. Bases du langage HTML. Notion de lien et d'ancre. Notion de feuille de style CSS. Validation d'un document

support de cours 2009
aide mémoire XHTML
CSS(1), CSS(2)
fichiers pour TP 2011
Contrôle TP 13 Mai 2011 : Rendu 1, Rendu 2, Sujet, html vide

Développement Web (2008-2012, L2 MPCIE)

Introduction au développement de sites Web: XHTML, CSS, JavaScript

Exemple de code javascript - générateur de labyrinthe : ici. Version intéractive ici.

Bio-informatique (2008-2012, M1 informatique)

Version étendue du cours de bioinformatique désormais enseigné en M2.

Sécurité et cryptographie (2009, Master CDS2I)

Support de cours.

UNIX (2008-2011, enseigné en L2 LTE à l'ISSBA)

Traitement du signal (2007, enseigné en L3 Informatique)

Optimisation multiobjectif II (2011, Formation doctorale)

Introduction à l'optimisation multiobjectif - partie II (partie I enseignée par V. Barichard). Support de la formation.


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