(gH)   -_-  anas.sas.txt  ;  TimeStamp (unix) : 01 Avril 2008 vers 10:00

/************************************************************/
/*                                                          */
/* quelques ANAlyses Statistiques en Sas                    */
/*                                                          */
/************************************************************/

/* chargement des données et des programmes                 */

 %include 'x:\datagh.sas' ;
 %include 'x:\statgh.sas' ;

/************************************************************/
/*                                                          */
/* étude du Dossier PBIO                                    */
/*                                                          */
/************************************************************/

title Dossier PBIO ;
run ;

/* un peu de données (formatées)                            */

%print10(pbio) ;

/* des tris à plat                                          */

proc freq data=pbio ;
     tables CONNAIT DIFF CONSOM MARQUE CONSVIE SEXE AGE ETATCIVIL  NBENFANTS  SITPROF CL_REVENU / NOCUM ;

/* tris à plat, par fréquence décroissante ;

proc freq data=pbio order=freq ;
     table sexe etatciv age revenu / nocum ;
     table sexe*etatciv sexe*age sexe*revenu / norow nocol nopercent ;

run ;

 proc freq data=titanic order=freq ;
 tables  CLASS    AGE      SEX      SURV ;

*/

run ;

/************************************************************/
/*                                                          */
/* étude du Dossier TITANIC                                 */
/*                                                          */
/************************************************************/

title Dossier TITANIC ;
run ;

/* un peu de données (formatées)                            */

%print10(titanic) ;

/* des tris à plat                                          */

proc freq data=titanic order=freq ;
     tables  CLASS    AGE      SEX      SURV ;


run ;

/****************************************************************************************************************/
/****************************************************************************************************************/

TITLE Etude de tous les paramètres - 26 mars 97 ;

libname f 'z:\A1056' ;
options nodate LINESIZE=250 PAGESIZE=5000 NOCENTER FORMDLIM=' ' FORMCHAR='-----------' nonumber ;
%include 'x:\statgh.sas' ;

* Etude de tous les paramètres - 3 octobre 97 " ;

/****************************************************************************************************************/
/****************************************************************************************************************/

/* création de la base à  partir des données issues du fichier Excel de
   converties en fichier texte (pour faciliter l'utilisation de R */

/*********************************************************/

data  f.alltintinana ;
      infile '1056.sor' firstobs=2 ;
      input  IDEN  $  REPL  AT  URE   AH    TP    AM    AE   SX  NU   NS $  NFA     VAC    LVD  $ ;
run ;

proc contents data=f.alltintinana ;

** proc print data=f.alltintinana ;

* listages des valeurs en début et fin de fichier :

%titregen(f.alltintinana) ;
run ;
%tete(f.alltintinana) ;
run ;
%queue(f.alltintinana) ;
run ;
title2 ;

/****************************************************************************************************************/
/****************************************************************************************************************/

data prepanadse ; set alltintinana;
     dse = "oui" ;
     if sce=-1 then dse= "non" ;
     alrt = "oui" ;
     if cda=0 then alrt = "non" ;
     if alrt="non"               then grp="ns" ;
     if alrt="oui" and dse="non" then grp="nc" ;
     if alrt="oui" and dse="oui" then grp="oa" ;
     f_iden1 = put(iden,Z4.0) ;  /* format zéro pour garantir la concaténation */
     f_iden2 = iden ;  /* format zéro pour garantir la concaténation */
     niden = grp||trim(f_iden) ;

/* on utilise retain pour réordonner les variables */

data anadse ;
     retain   niden grp dse alrt cda ;
     set prepanadse ;

proc print  data=anadse   (firstobs=1 obs=10) ;
proc print  data=anadse   (firstobs=800 obs=825) ;

/* on aura besoin de trier par sexe, donc */

proc sort data=anadse out=anadse2 ;
     by sexe niden ;

/* quelques comptages */

title Analyse Globale ;
run ;

proc freq data=anadse2 order=freq ;
     table sexe dse alrt grp dse*grp dse*alrt ;

/************************************************/

data alltintinana_alrt ;
     set anadse2 ;
     length nar $ 30 ;
     length naj $ 30 ;
     length nav $ 30 ;
     length nab $ 30 ;
     ar = 0 ;
     aj = 0 ;
     av = 0 ;
     ab = 0 ;
     nar   = "" ;
     naj   = "" ;
     nav   = "" ;
     nab   = "" ;

     /***************************************************************/

     if  repl <= 1100               then do ;
         ar = 1 ; nar = trim(nar) || " plq" ; cplq = "Rouge" ;
     end ;
     if  1100 < repl and repl <= 70 then do ;
         aj = 1 ; naj = trim(naj) || " plq" ; cplq = "Jaune" ;
     end ;

     /***************************************************************/


     alerte = ((ar*10 + aj)*10 + ab)*10 + av ;
     nar = trim(nar) ;
     naj = trim(naj) ;
     nav = trim(nav) ;
     nab = trim(nab) ;


proc print data=alltintinana_alrt  (firstobs=1 obs=10) ;
proc print data=alltintinana_alrt  (firstobs=2728 obs=2738) ;

proc freq  data=alltintinana_alrt order=freq ;
     table NMO    alerte ar aj ab av CDA LVD nar naj nab nav cplq casat curee cah ctp ca2m cage ;

proc freq  data=alltintinana_alrt order=freq ;
     table ar*aj ar*av ar*ab aj*av aj*ab av*ab / norow nocol nopct ;

proc means  data=alltintinana_alrt n mean stddev cv min max maxdec=2 ;
     var PLQ    ASAT    UREE   AH    TP    A2M    AGE   ;

** proc print data=alltintinana_alrt ;

data alltintinana_alrt ;
     set alltintinana_alrt ;
     lvdn = input(lvd,4.) ;
run ;

** proc contents data= alltintinana_alrt ;

data alltintinana_alrt ;
     set alltintinana_alrt ;
     dseplq = 0 ;
     idplq = indexc(lvd,'1') ;
     if (lvdn>-1) and (idplq>0) then dseplq=1 ;

     dseasa = 0 ;
     idasa = indexc(lvd,'2') ;
     if (lvdn>-1) and (idasa>0) then dseasa=1 ;

     dseage = 0 ;
     idage = indexc(lvd,'7') ;
     if (lvdn>-1) and (idage>0) then dseage=1 ;

     /**************************************************/

     length f_lvd $ 30 ;
     f_lvd = "???" ;
     if lvdn=1   then f_lvd = "REPL" ;
     if lvdn=5   then f_lvd = "TP" ;
     if lvdn=65  then f_lvd = "A2M TP" ;

proc freq  data=alltintinana_alrt order=freq ;
     table dseplq*cplq dseasa*casat dseure*curee dsehya*cah dsetdp*ctp dsea2m*ca2m dseage*cage/ norow nocol nopct ;

proc freq  data=alltintinana_alrt order=freq ;
     table dseplq*cplq dseasa*casat dseure*curee dsehya*cah dsetdp*ctp dsea2m*ca2m dseage*cage/ norow nocol nopct ;

proc freq  data=alltintinana_alrt order=freq ;
     table lvd f_lvd ;

data dsealrt ;
     set alltintinana_alrt ;
     if lvd=-1 then delete ;

proc freq  data=dsealrt order=freq ;
     table lvd f_lvd ;

/************************************************/

data chtmp.re ;
     * file "f1056.txt" ;
     array v1 $ id ;
     set chtmp.bip ;
     if a2m<10 then a2m = a2m*100 ;
     exclu = 0 ;
     alat  = -1 ;
     if sexe=2 then sexe=0 ;
     format id $7. ;
     id = 'M'||put(numero,Z5.0) ;
     format repl  5.1 ;
     format age   9.4 ;

data f ; set c.f ;
     array v1 $ iden ;
     iden = 'M'||put(numero,Z5.0) ;
     drop numero;

proc sort data=f out=f_t ; by iden ;

proc sort data=resultats out=res_t ; by iden ;

data c.c ; merge res_t f_t ; by iden ;
     ZCDA = put(CDA,Z4.0) ;

proc import datafile="Z:\bases7gh.xls" out=c.alls17 dbms=excel replace;

data c.ft ; set c.f ;   if ft = . then delete ;

proc export data=pbh outfile="Z:\sniff17_1056.dbf" dbms=dbf replace;

data c.f ;
     array v1 numero ;  /* array force à utiliser les variables dans cet ordre */
     array v2 pl ;
     array v3 as ;
     array v4 ur ;
     array v5 hy ;
     array v6 tp ;
     array v7 a2 ;
     array v8 ag ;
     array v9 se ;

     set c.p ; /* attention à bien mettre set après array et avant les if */
     keep  numero  pl as ur hy tp am ag sx ;

     if pl = . then delete ;
     if as = . then delete ;
     if ur = . then delete ;
     if hy = . then delete ;
     if tp = . then delete ;
     if a2 = . then delete ;
     if ag = . then delete ;
     if se = . then delete ;

/* gestion du fichier des rintintins */

data a (rename=(nom=nom1)) ; set b.rintintins ; id1 = id ;

proc sort data=a out=at ; by id ;

proc print data=at (firstobs=1 obs=5) ; var id nom1 ;

proc means data=at n ; var id ;

/* gestion du fichier du suivi des rintintins */

data binit (rename=(nom=nom2 num_ro=id qualificatif=qualificatif_id mode_x=mode_x_id)) ;
     set b.suivi_rintintins ;

proc means data=binit n ; var id ;

data b ; set binit ; id2 = id ;

proc sort data=b out=bt ; by id ;

proc print data=bt (firstobs=1 obs=5) ; var id nom2 ;

proc means data=bt n ; var id ;

/* fusion puis export */

title Fichier 3 ;
run ;

data ct ; merge at bt ; by id ;

proc means data=ct n ; var id ;

data c ; set ct ;
     erreur=0 ;
     noma =nom1 ;
     nomb =nom2 ;
     ida  = id1 ;
     idb  = id2 ;
     if not(nom1=nom2) then erreur=1;
     if not(ida=idb)   then erreur=erreur + 2;
     drop  MODE_EXERCICE_id SPECIALITE_id ZONE_VACANCES TITRE_id ;

proc sort data=c out =ptout ; by descending erreur id ;

proc sql ;
     create table tout as
     select
        id ,
        titre ,
        nom1 ,
        prenom ,
        qualificatif

     from ptout ;
quit ;

data rintintins ;

     length   adresse1 $ 90 ;
     format   adresse1 $90. ;
     informat adresse1 $90. ;

/* gestion du fichier des rintintins */

data a (rename=(nom=nom1)) ; set b.rintintins ; id1 = id ;

proc sort data=a out=at ; by id ;

proc print data=at (firstobs=1 obs=5) ; var id nom1 ;

proc means data=at n ; var id ;

/* gestion du fichier du suivi des rintintins */

data binit (rename=(nom=nom2 num_ro=id)) ;
     set b.suivi_rintintins ;

proc means data=binit n ; var id ;

data b ; set binit ; id2 = id ;

proc sort data=b out=bt ; by id ;

proc print data=bt (firstobs=1 obs=5) ; var id nom2 ;

proc means data=bt n ; var id ;

/* fusion puis export */

title Fichier 3 ;
run ;

data ct ; merge at bt ; by id ;

proc means data=ct n ; var id ;

data c ; set ct ;
     erreur=0 ;
     noma =nom1 ;
     nomb =nom2 ;
     ida  = id1 ;
     idb  = id2 ;
     if not(nom1=nom2) then erreur=1;
     if not(ida=idb)   then erreur=erreur + 2;
     drop  MODE_EXERCICE_id SPECIALITE_id ZONE_VACANCES TITRE_id ;

proc sort data=c out =ptout ; by descending erreur id ;

data suivi_rintintins ;
     length nom$ 50 ;
     informat nom $50. ;
     format nom $50. ;
     length r_gion_rintintin $ 50 ;
     informat r_gion_rintintin $50. ;
     format r_gion_rintintin $50. ;
     erreur = 0 ;
     set b.suivi_rintintins ;
     if (Premier_calcul =.)           then do ;
         erreur = 1 ;
         mois   = 0 ;
         annee  = 0 ;
     end ; else do ;
         mois  = month(Premier_calcul) ;
         annee = year(Premier_calcul) ;
     end ;
     if trim(r_gion_rintintin)="---"    then erreur = 3 ;
     if dpt_rintintin=.                 then erreur = 4 ;
     if dpt_rintintin<0                 then erreur = 5 ;

proc means data=suivimt noprint ;
     output out=s1a1 sum= ;

     var nouveaux_p prem_r prem_B;

data s1b ;
     array v1 mois ;
     array v2 annee ;
     array c  $ dsc ;
     array v3 nouveaux_p     ;
     array v4 prem_r    ;
     array v5 prem_B    ;
     array v6 prem_p ;
     set s1a1 s1a2 ; drop _TYPE_    _FREQ_ ;
     prem_p = nouveaux_p - prem_r - prem_B ;
     if _n_=1 then  do ;
         dsc = "TOTAL" ;
         mois  = month(today()) ;
         annee = year(today()) ;
     end ;
     else dsc = "" ;

proc sort data=s1b out=s2b ;
     by  annee mois ;

proc export data=calculs_nettoyes outfile="Out/B6_details_calculs.xls" dbms ="excel" replace ;

proc sql ;
     create table calculs_relies as
     select a.num_ro as num1 , a.id_labo as idl1 , a.id_rintintin as idm1 ,
            a.laboratoire as labo1 , a.rintintin as med1 ,
            b.id as idl2 , b.qualificatif , b.nom
     from a , b where idl1=idl2 ;
quit ;


proc sql ;
     create table calculs_relies as
     select a.num_ro as num1 , a.id_labo as idl1 , a.id_rintintin as idm1 ,
            a.laboratoire as labo1 , a.rintintin as med1 ,
            c.id as idm2 ,c.nom , c.prenom
     from a , c where idm1=idm2 ;
quit ;

data calculs_lies (rename=(num1=num_ro)) ; set calculs_relies ;

proc sql ;
     delete from non_relies
     where num_ro in (select num_ro from calculs_lies) ;
quit ;

proc freq data=calc_hors_CHU  order=freq ;
     table base cause mode_exercice ;

%macro compteCAUSE(base,onglet) ;

data calc2 ;
     base = "calc2" ;
     total    = 1 ;
     ao   = 0 ;
     vux    = 0 ;
     atoze = 0 ;
     set &base ;
     if trim(cause)= 'Ao'                then ao    = 1 ;
     if trim(cause)= 'Vux'                 then vux     = 1 ;
     if trim(cause)= 'Soz meta'  then atoze  = 1 ;

/*   proc print  data=calc2 (firstobs=1 obs=10) ; var Date_r_sultat anne_calc mois_calc cause ao vux atoze ; */

proc sort data=calc2  out=calc3  ;
     by descending annee descending mois ;

proc means data=calc3 noprint ;
     output out=calc4 sum= ;
     var total  vux ao atoze;


data aa ;
     length   nom_m    $ 50 ;
     format   nom_m    $50. ;
     informat nom_m    $50. ;
     base = "aa" ;
     set a ;
     nom_m = trim(rintintin) ;

proc sql ; select count(distinct(nom_m)) from bbt ; quit ;
/* proc sql ; select distinct(nom_m) , prenom , " BBT" from bbt where nom_m like "MP%" ; quit ; */


proc sql ;
     create table erreur_nom1 as
     select aat.nom_m
     from aat left join bbt on aat.nom_m=bbt.nom_m
     where bbt.nom_m is null
     ;
quit ;

proc print data=erreur_nom1 ;

data aat_sansd ; /* sans double */
     set aat ;
     tn  = trim(nom_m) ;
     lng = length(tn) ;
     if substr(tn,lng,1)="." then delete ;

proc sql ;
     create table cct as
     select aats.nom_m , cause , date_r_sultat ,
     aats.mode_exercice , bbts.mode_exercice ,
     vux, ao, atoze ,
     mois , annee , base1 , base2 , nom1 , nom2 , region_id
     from aats, bbts
     where aats.nom_m = bbts.nom_m
     ;
quit ;

data eetv ; set eet ; where vux=1 ;
%compteME(eetv,detail_vux) ;

data eeta ; set eet ; where ao=1 ;
%compteME(eeta,detail_ao) ;

data eets ; set eet ; where atoze=1 ;
%compteME(eets,detail_atoze) ;


%compteOrdo(cct,"") ;

data cct1996  ; set cct ; where annee=1996 ;
data cct1997  ; set cct ; where annee=1997 ;

%compteOrdo(cct1996,"1996") ;
%compteOrdo(cct1997,"1997") ;

%optionsgh(ls=120) ;

/** ################################################################################# */
/**                                                                                   */
/** classification ward de la matrice des distances euclidiennes lignes de VINS       */
/**                                                                                   */
/** ################################################################################# */

libname gh 'I:\Sasdata' ;
options nofmterr ;
options nodate LINESIZE=256 PAGESIZE=50 NOCENTER FORMDLIM=' ' FORMCHAR='-----------' nonumber ;

/* chargement des données */

proc print data=gh.vins ;

/* matrice euclidienne des distances */

proc distance data=gh.vins out=vins_md method=Euclid ;
     var interval(_numeric_);
     id  vin ;

proc print data=vins_md ;

/* classification */
/*    method=average outtree=vins_tr nosquare nonorm */
/*    comme hclust(vins_md,method="average") en R    */

proc cluster data=vins_md method=average outtree=vins_tr nosquare nonorm ;
     id vin ;

proc print data=vins_tr ;

proc sort data=vins_tr out=vins_ttr ;
     by _height_ ; /* donc croissant */

proc print data=vins_ttr ;

/* dendrogramme  : sauvegarde du graphique en postscript */

goptions reset=all gaccess='sasgastd > vinsclsas.ps' device=pscolor ;

proc tree  data=vins_tr horizontal ;
     height _height_ ;
     id vin ;
     title Classification vins ;
quit ;


/* reprise des options par défaut */

goptions reset=goptions;

run ;

/** ################################################################################# */
/**                                                                                   */
/**   affichage de l'age pour ELF avec des couleurs différentes pour chaque sexe      */
/**                                                                                   */
/** ################################################################################# */


/*  TimeStamp  (dos) : 06 Septembre 06 13:46  ;  z:\essai.sas */

    options nofmterr ;
    libname gh 'I:\Sasdata' ;

*    proc contents data=gh.elf ;
*    proc print    data=gh.elf ;

     proc sort data=gh.elf out=elf2 ;
          by age ;

     data elf3 ; set elf2 ;
          idn= _n_ ;
          if sexe=0 then do ; ageh = age ; agef = .   ; end ;
                    else do ; ageh = .   ; agef = age ; end ;

    proc print    data=elf3 (obs=10) ;

     symbol1 c=blue v=dot ;
     symbol2 c=red  v=dot ;
     proc gplot data=elf3 ;
          plot ageh*idn agef*idn / overlay ;

     run ;

/** ################################################################################# */
/**                                                                                   */
/** classification issue d'une AFC                                                    */
/**                                                                                   */
/** ################################################################################# */

PROC CORRESP DATA=nomtab1  DIM=3 OUT=toto NOPRINT ;
  VAR cac dj ftm can net ;
  ID ident ;

PROC CLUSTER METHOD=CENTROID ;
  VAR DIM1-DIM3;
  ID ident;
  PROC TREE ;
  RUN ;

/** ################################################################################# */
/**                                                                                   */
/** comparaison des proc clasiques avec les macros gh                                 */
/**                                                                                   */
/** ################################################################################# */


/* lecture des données */

data consom77 ;
     infile 'z:\consom77.dar'  firstobs=2;
     input Temps $ Resm  Depc ;
run ;

%titregen(consom77) ;

/* étude avec les proc classiques */

proc contents data=consom77 ;

proc means data=consom77 ;

proc corr  data=consom77 ;

proc reg   data=consom77 ;
     model depc = resm ;

/* étude avec les macros gh et dl */

titregen(consom77) ;
combien(consom77) ;
decritQT(consom77,resm,"mDollars") ;
decritQT(consom77,depc,"mDollars") ;
asgQT(consom77,depc,"mDollars") ;
regrlin(consom77,resm,depc,"mDollars","mDolars") ;

run ;

/** ####################################### */

/* sortie en fichier texte */

data _null_;
     set demo ;
     file "demo.sor" notitles noprint;
     put  id $5. plaq 6.0 asat 6.0 uree 7.2 ah 7.0 tp 6.0 a2m 8.0 age 9.4 sexefm 5.0 exclu 5.0 alat 6.0 ;

run ;

/* comparaison de courbes Roc */

proc import datafile='art_sniff14.xls' dbms=excel out=art_sniff14 replace ;

proc means data=art_sniff14 ;
     var SNIFF8  Prediction_1   ;

proc freq data=art_sniff14 ;
     table fcs ;

%include 'x:\statgh.sas' ;
%include 'x:\roc.sas' ;
%include 'x:\rocplot.sas' ;

%comp2roc(art_sniff14,fcs,SNIFF8,Prediction_1) ;

/* comparaison de cohortes */

libname chu 'c:\Temp' ;
options nodate LINESIZE=256 PAGESIZE=50 NOCENTER FORMDLIM=' ' FORMCHAR='-----------' nonumber ;
%include 'x:\roc.sas' ;

proc import datafile='cohorte1.xls' dbms=excel out=chu.cohorte1 replace ;
proc import datafile='cohorte2.xls' dbms=excel out=chu.cohorte2 replace ;
proc import datafile='cohortes1et2.xls' dbms=excel out=chu.cohortes1et2 replace ;

/* en ligne 162 pas de FCS ? */

data cohorte1 ;
     set chu.cohorte1 ;
     if fcs=. then delete ;

data chu.cohorte1 ;
     set cohorte1 ;

data cohortes1et2 ;
     set chu.cohortes1et2 ;
     if fcs=. then delete ;

data chu.cohortes1et2 ;
     set cohortes1et2 ;

/* calculs de base */

title Description de la cohorte 1 ;
proc means data=chu.cohorte1 n mean stddev cv min max maxdec=4 ;
     var SNIFF8 FIBTEST APRI HEPASCOR FIB4 MODEL15 ;
proc freq data=chu.cohorte1 order=freq ;
     table fcs ;
run ;

title Description de la cohorte 2 ;
proc means data=chu.cohorte2 n mean stddev cv min max maxdec=4 ;
     var SNIFF8 FIBTEST APRI HEPASCOR FIB4 MODEL15 ;
proc freq data=chu.cohorte2 order=freq ;
     table fcs ;
run ;

title Description de la cohortes 1&2 ;
proc means data=chu.cohortes1et2 n mean stddev cv min max maxdec=4 ;
     var SNIFF8 FIBTEST APRI HEPASCOR FIB4 MODEL15 ;
proc freq data=chu.cohortes1et2 order=freq ;
     table fcs ;
run ;

/* comparaisons d'AUROCS série 1 */

title Delong sur les 6 tests : cohorte 1 ;
* proc print data=chu.cohorte1 ;
%roc(data=chu.cohorte1,var=SNIFF8 FIBTEST APRI HEPASCOR FIB4 MODEL15,response=FCS, details=YES) ;
run ;

title Delong sur les 6 tests : cohorte 2 ;
* proc print data=chu.cohorte2 ;
%roc(data=chu.cohorte2,var=SNIFF8 FIBTEST APRI HEPASCOR FIB4 MODEL15,response=FCS, details=YES) ;
run ;

title Delong sur les 6 tests : cohortes 1 et 2 ;
* proc print data=chu.cohortes1et2 ;
%roc(data=chu.cohortes1et2,var=SNIFF8 FIBTEST APRI HEPASCOR FIB4 MODEL15,response=FCS, details=YES) ;
run ;

/* comparaisons d'AUROCS série 2 */

title Delong sur 2 tests : cohorte 1 ;
* proc print data=chu.cohorte1 ;
%roc(data=chu.cohorte1,var=SNIFF8 MODEL15,response=FCS, details=YES) ;
run ;

title Delong sur 2 tests : cohorte 2 ;
* proc print data=chu.cohorte2 ;
%roc(data=chu.cohorte2,var=SNIFF8 MODEL15,response=FCS, details=YES) ;
run ;

title Delong sur 2 tests : cohortes 1 et 2 ;
* proc print data=chu.cohortes1et2 ;
%roc(data=chu.cohortes1et2,var=SNIFF8 MODEL15,response=FCS, details=YES) ;
run ;


/* conversion en variables qualitatives */

libname tmp 'c:\temp' ;

* proc import datafile='rch2.xls' dbms=excel out=tmp.rch2 replace ;

* proc contents data=tmp.rch2 ;

/* ==> fichier rch2.sor */

data rch2 ;
     set tmp.rch2 ;
     array v1 numero ;
     array v2 metaf ;
     array v3 plaq ;
     array v4 asat ;
     array v5 ur_e ;
     array v6 hyalu ;
     array v7 tp ;
     array v8 a2m ;
     array v9 age ;
     * array v10 sexe ;
     if numero        = . then delete ;
     if metaf         = . then delete ;
     if plaq          = . then delete ;
     if asat          = . then delete ;
     if ur_e          = . then delete ;
     if hyalu         = . then delete ;
     if tp            = . then delete ;
     if a2m           = . then delete ;
     if age           = . then delete ;
     if sexe          = . then delete ;
     keep numero      metaf      plaq      asat      ur_e      hyalu      tp      a2m      age ;

     if (plaq<170) or (plaq>390) then do ;
        plaq = 1 ;
     end ; else do ; plaq = 0 ; end ;

     if (asat<10) or (asat>110) then do ;
        asat = 1 ;
     end ; else do ; asat = 0 ; end ;

     if (ur_e<1.9) or (ur_e>8.8) then do ;
        ur_e = 1 ;
     end ; else do ; ur_e = 0 ; end ;

     if (hyalu<2) or (hyalu>73) then do ;
        hyalu = 1 ;
     end ; else do ; hyalu = 0 ; end ;

     if (tp<88) or (tp>121) then do ;
        tp = 1 ;
     end ; else do ; tp = 0 ; end ;

     if (a2m<105) or (a2m>311) then do ;
        a2m = 1 ;
     end ; else do ; a2m = 0 ; end ;

     if (age<29) or (age>66) then do ;
        age = 1 ;
     end ; else do ; age = 0 ; end ;

proc print data=rch2 ;

/******************************************************************/

libname chu 'c:\Temp' ;
options nodate LINESIZE=256 PAGESIZE=50 NOCENTER FORMDLIM=' ' FORMCHAR='-----------' nonumber ;
%include 'x:\roc.sas' ;

/*
proc import datafile='cohorte1.xls' dbms=excel out=chu.cohorte1 replace ;
proc import datafile='cohorte2.xls' dbms=excel out=chu.cohorte2 replace ;
proc import datafile='cohortes1et2.xls' dbms=excel out=chu.cohortes1et2 replace ;
*/

/* en ligne 162 pas de FCS ? */

data cohorte1 ;
     set chu.cohorte1 ;
     if fcs=. then delete ;

data chu.cohorte1 ;
     set cohorte1 ;

data cohortes1et2 ;
     set chu.cohortes1et2 ;
     if fcs=. then delete ;

data chu.cohortes1et2 ;
     set cohortes1et2 ;

/* calculs de base */

title Description de la cohorte 1 ;
proc means data=chu.cohorte1 n mean stddev cv min max maxdec=4 ;
     var SNIFF8 FIBTEST APRI HEPASCOR FIB4 MODEL15 ;
proc freq data=chu.cohorte1 order=freq ;
     table fcs ;
run ;

title Description de la cohorte 2 ;
proc means data=chu.cohorte2 n mean stddev cv min max maxdec=4 ;
     var SNIFF8 FIBTEST APRI HEPASCOR FIB4 MODEL15 ;
proc freq data=chu.cohorte2 order=freq ;
     table fcs ;
run ;

title Description de la cohortes 1&2 ;
proc means data=chu.cohortes1et2 n mean stddev cv min max maxdec=4 ;
     var SNIFF8 FIBTEST APRI HEPASCOR FIB4 MODEL15 ;
proc freq data=chu.cohortes1et2 order=freq ;
     table fcs ;
run ;

/* comparaisons d'AUROCS série 1 */

title Delong sur les 6 tests : cohorte 1 ;
* proc print data=chu.cohorte1 ;
%roc(data=chu.cohorte1,var=SNIFF8 FIBTEST APRI HEPASCOR FIB4 MODEL15,response=FCS, details=YES) ;
run ;

title Delong sur les 6 tests : cohorte 2 ;
* proc print data=chu.cohorte2 ;
%roc(data=chu.cohorte2,var=SNIFF8 FIBTEST APRI HEPASCOR FIB4 MODEL15,response=FCS, details=YES) ;
run ;

title Delong sur les 6 tests : cohortes 1 et 2 ;
* proc print data=chu.cohortes1et2 ;
%roc(data=chu.cohortes1et2,var=SNIFF8 FIBTEST APRI HEPASCOR FIB4 MODEL15,response=FCS, details=YES) ;
run ;

/* comparaisons d'AUROCS série 2 */

title Delong sur 2 tests : cohorte 1 ;
* proc print data=chu.cohorte1 ;
%roc(data=chu.cohorte1,var=SNIFF8 MODEL15,response=FCS, details=YES) ;
run ;

title Delong sur 2 tests : cohorte 2 ;
* proc print data=chu.cohorte2 ;
%roc(data=chu.cohorte2,var=SNIFF8 MODEL15,response=FCS, details=YES) ;
run ;

title Delong sur 2 tests : cohortes 1 et 2 ;
* proc print data=chu.cohortes1et2 ;
%roc(data=chu.cohortes1et2,var=SNIFF8 MODEL15,response=FCS, details=YES) ;
run ;

%allcompRoc2a2(chu.cohortes1et2,SNIFF8 FIBTEST APRI HEPASCOR FIB4 MODEL15,FCS) ;


/*  TimeStamp  (dos) : 31 Mai 08 21:15  ;  coefficients de lin */

proc import datafile='pd150.xls' dbms=excel out=pd150 replace ;
proc import datafile='md150.xls' dbms=excel out=md150 replace ;
proc contents data=pd150 ;
proc contents data=md150 ;
/* variables à traiter : x CSI CSII PD */
%include  'X:\mccc.sas' ;  /* concordance de lin */

%*mccc(md150,x,ratervars=CSI CSII,alpha=0.005) ;
%include 'x:\concreg.sas' ;
%concreg(md150,CSI,CSII) ;
%concreg(md150,CSI,PD) ;
%concreg(md150,CSII,PD) ;

%concreg(pd150,CSI,CSII) ;
%concreg(pd150,CSI,PD) ;
%concreg(pd150,CSII,PD) ;