Aide à la REPRESENTATION D'ARBRES

pour des données réelles et des systèmes L :

MISE EN OEUVRE

Table des matières

      1. Principes généraux

      2. Détails des fichiers

      3. Exemples

      4. Pour nous joindre

1. Principes généraux

La représentation d'une plante est un outil indispensable au biologiste. Elle peut servir
  • pour un controle qualité
  • pour le suivi de croissance
Nous avons défini une structure données ( MND ou "Mémoire Numérique du Développement") pour faciliter la visualisation d'une plante réelle issue de données prises sur le terrain ou formelle (produite par modélisation, par algorithme, par système L etc). Cette MND contient les informations nécessaires et suffisantes à un tracé réaliste en 3D d'une plante à ses divers stades de son développement.

Pour "voir" une plante, il suffit de fournir un fichier MND . Notre système interface alors GnuPlot et GeomView pour fournir à la fois des vues (dessins) 3D et un vrai objet géométrique 3D correspondant à la plante, objet qu'on peut manipuler, avec ses couleurs, ses sources lumineuses, ses composantes feuille, tige, pétiole...

Les fichiers MND sont des fichiers texte que l'on créer à la main sous éditeur (pour faire de petits exemples), par programme (pour construire des plantes théoriques, pour compléter ou simuler des données), par masque de saisie lorsqu'on travaille sur le terrain.

2. Détail des fichiers

Un fichier de MND comporte, en plus des lignes de commentaire repérées par un # en début de ligne, 20 champs qui viennent décrire les UMC ("Unités Minimales de Croissance") qui sont :
  • 01 - une adresse de type AF ("axe feuille") ;
  • 02 - un angle d'ouverture,
  • 03 - un angle de phyllotaxie et
  • 04 - un angle de déviation ;
  • 05 - la longueur,
  • 06 - le diamétre et
  • 07 - le type de tige ;
  • 08 - la longueur,
  • 09 - le diamétre,
  • 10 - l'angle de position,
  • 11 - l'angle de rotation et
  • 12 - le type de pétiole ;
  • 13 - la longueur,
  • 14 - la largeur,
  • 15 - la hauteur,
  • 16 - l'angle primaire,
  • 17 - l'angle secondaire,
  • 18 - l'angle tertiaire et
  • 19 - le type de limbe ;
  • 20 - la référence au numéro de ligne original

3. Exemples

Prenons comme premier exemple un arbre très simple mais complétement irréaliste dans le seul but de détailler les champs : notre arbre est "en hiver", sans feuilles, donc avec
  • 7 segments (UMC) sur l'axe principal
  • une ramification (20 degrés) vers la droite au niveau du segment 2
  • une ramification (60 degrés) vers la gauche au niveau du segment 3
  • une ramification (40 degrés) vers la gauche au niveau du segment 3
L'axe principal a donc comme adresses A1F1, A1F2,...A1F7. L'adresse de l'UMC pour la première ramification est A1F2A2F1 et pour la seconde, il s'agit de A1F3A2F1. Prenons comme angle de phylotaxie 30 degrés. En donnant des valeurs standards et constantes aux UMC (longueurs fixes de tige, par exemple), on obtient alors comme fichier MND le texte suivant # exemple 1 # num.de champ : 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 # 1 2 3 4 5 6 7 8 9 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 0 # # A R P D L D T # d a h e o i i # r m y v n a g # A1F1 0 0 0 10 2.7 ti 0 0 0 0 pe 0 0 0 0 0 0 li 01 <-- Axe principal A1F2 0 0 0 10 2.7 ti 0 0 0 0 pe 0 0 0 0 0 0 li 02 A1F3 0 0 0 10 2.7 ti 0 0 0 0 pe 0 0 0 0 0 0 li 05 A1F4 0 0 0 10 2.7 ti 0 0 0 0 pe 0 0 0 0 0 0 li 06 A1F5 0 0 0 10 2.7 ti 0 0 0 0 pe 0 0 0 0 0 0 li 07 A1F6 0 0 0 10 2.7 ti 0 0 0 0 pe 0 0 0 0 0 0 li 08 A1F7 0 0 0 10 2.7 ti 0 0 0 0 pe 0 0 0 0 0 0 li 09 A1F2A2F1 20 30 0 08 1.6 ta 0 0 0 0 pa 0 0 0 0 0 0 la 03 <-- Ramifications A1F2A2F2 0 0 0 08 1.6 tb 0 0 0 0 pb 0 0 0 0 0 0 lb 04 A1F3A2F1 -60 30 0 08 1.6 ta 0 0 0 0 pa 0 0 0 0 0 0 la 10 A1F5A2F1 40 30 0 08 1.6 ta 0 0 0 0 pa 0 0 0 0 0 0 la 11 la représentation sous Gnuplot et via GeomView nous fournit

4. Pour nous joindre

 

François BEAUJARD,   Inra d'Angers

  • Station d'Agronomie, Centre d'Angers, 42 rue G. MOREL, BP 57,
    49071 Angers Cédex tel 02 41 22 56 38 Fax 02 41 22 56 35

  •  e-mail  : beaujard@angers.inra.fr

 

Gilles HUNAULT,   Université d'Angers

 

Denis PITHON, Université d'Angers